O quadriênio anterior ao Golpe Militar, foi um período de intensa politização da sociedade, em que os estudantes participaram ativamente. A UNE se viu, nessa época, sob a liderança de novos grupos políticos – a Juventude Universitária Católica e a Ação Popular. Enquanto entidade, integrou-se às campanhas pelas reformas de base, levantando principalmente a bandeira da reforma universitária. As ações da UNE se diversificam: alfabetização popular e apoio às Ligas Camponesas. No entanto, o Golpe de 1964 interrompe a efervescência vivida pelos universitários até então: no dia 27 de outubro, o Congresso aprova o decreto de extinção da UNE. Além do fechamento de entidades estudantis e do encarceramento de seus principais líderes, as universidades coexistiram com as perseguições dos Inquéritos Policiais Militares (IPM), intensificados com Ato Institucional nº 5. Por outro lado, as reformas universitárias são colocadas em prática, não no modelo que os estudantes haviam proposto em suas campanhas. A reformulação acontece através de diversos planos e acordos: Plano Nacional de Educação (1965), o acordo MEC-USAID (Ministério da Educação – Agência dos Estados Unidos para o Desenvolvimento Internacional), o Grupo de Trabalho sobre Reforma Universitária, a Lei Suplicy e o Decreto-Lei 477.
